O Concílio de Trento, na sua última sessão (15-06-1563), reformou o modelo formativo do clero secular, recomendando a criação de seminários em cada diocese. Face às dificuldades na sua execução, a Santa Sé permitiu que a formação fosse confiada aos Jesuítas nas dioceses onde a Sociedade da Companhia de Jesus tivesse colégios. No Algarve, os colégios de Faro e Portimão assumiram essa tarefa. Todavia, a expulsão da Companhia de Jesus (1759) trouxe a necessidade de uma resposta: a fundação do Seminário.
Findas as interferências do governo pombalino na vida diocesana do Algarve, D. André Teixeira Palha (1783-1786), ainda na qualidade de Coadjutor de D. Frei Lourenço de Santa Maria (1752-1783), publicou o currículo formativo dos futuros clérigos e instituiu no Paço Episcopal um curso trienal de aulas eclesiásticas. O seu sucessor, o oratoriano D. José Maria de Melo (1787-1789), deu continuidade ao projeto e criou condições que possibilitassem a construção de edifício próprio e a fundação do Seminário. Esta tarefa coube ao seu sucessor, também oratoriano, D. Francisco Gomes do Avelar (1789-1816).
Francisco Gomes do Avelar começou por promover a construção do edifício confiando ao arquiteto italiano Francisco Xavier Fabri o projeto, o qual aliava a novidade do neoclassicismo às exigências funcionais de um seminário. Em 1796, D. Francisco convidou para formadores dois religiosos italianos da Congregação da Missão, os Padres Ansaloni e Maffei, que voltavam de Goa, onde tinham instalado um Seminário. Por sua vez, a parte do Seminário de Faro já edificada permitia o funcionamento com um pequeno grupo de seminaristas. Assim, no domingo 8 de Janeiro de 1789 abre o Seminário tendo como padroeiros São Filipe Neri e São Carlos Borromeu. Foram 12 os primeiros seminaristas, à semelhança dos primeiros apóstolos, conforme a vontade expressa do Bispo fundador. Em 1806, com a construção do refeitório, as obras ficaram concluídas.