O Seminário de São José da Diocese do Algarve contempla na sua orgânica o funcionamento do Seminário Menor da Diocese do Algarve e do Seminário Propedêutico da Província Eclesiástica de Évora. Tratam-se de duas etapas distintas do percurso vocacional dos jovens ou adultos que ingressam no Seminário, mas que se interligam num contínuo performativo.

Deste modo, o Seminário de São José da Diocese do Algarve tem esta dupla missão de acolher e favorecer um caminho de discernimento e formação vocacional àqueles que nele ingressam, após um primeiro e prévio contacto e acompanhamento. As orientações da Igreja, que nestas décadas pós-conciliares, têm sido muitas e ricas, estabelecem de um modo claro aquela que devem ser a missão, tanto de uma comunidade de Seminário Menor como de uma comunidade de Seminário Propedêutico.

A respeito do Seminário Menor, as orientações estabelecem que a sua principal finalidade é «ajudar a maturação humana e cristã dos adolescentes que mostram trazer dentro de si o germe da vocação ao sacerdócio ministerial, a fim de desenvolver, de acordo com a própria idade, aquela liberdade interior que os capacite a corresponder ao desígnio de Deus sobre a sua vida». Assim sendo, o nosso Seminário Menor, mantendo a formação escolar dos seminaristas ligada ao Ensino Público (o que lhes permite um crescimento e maturação com consciência da realidade do mundo), desenvolve na vida comunitária do Seminário um conjunto de ações que possibilitem ao vocacionados discernir e corresponder ao chamamento de Deus: vivência e formação humana-comunitária, espiritual-litúrgica, bíblico-catequética, iniciação cristã, entre outros.

No que respeita ao Seminário Propedêutico, este Seminário implementou aquilo que está orientado para esta Etapa específica e fundamental do caminho de discernimento e desenvolvimento vocacional: «assentar sólidas bases para a vida espiritual e favorecer um maior conhecimento de si para o crescimento pessoal». Procura assim promover um programa que contemple a iniciação e amadurecimento da vida espiritual, uma vida de oração intensa, conhecimento e familiaridade com a Palavra de Deus (alma e guia do caminho), formação humana e cristã, bem como um conjunto de vivências que lhes permite crescer na prática da Caridade.

Por isso, procurando corresponder às orientações eclesiais, fomentando uma sólida e completa formação (humana, espiritual, intelectual e pastoral) dos futuros pastores de almas e pescadores de homens, este Seminário, sob a inspiração do seu fundador, tem como missão «formar bons clérigos e dar à Igreja bons pastores segundo o coração de Deus, e que apascentem em ciência, e doutrina o rebanho do Senhor, que são os Povos, com as sagradas funções da Igreja, com a palavra do Senhor, com a administração dos Sacramentos e com o exemplo de uma santa vida» (D. Francisco Gomes do Avelar, 6.III.1797).